Dobová biografia jedného z najväčších scholastických teológov a filozofov sa nezachovala. Známym bol životopis, ktorý napísal španielsky františkán Francisco Zamora (1508 – 1571), istý čas aj generálny minister rádu, a koloval pred rokom 1600.
Svätý Bonaventúra narodil ako Ján di Fidanza v obci Bagnoregio v dnešnom talianskom regióne Lazio. Presný dátum jeho narodenia nie je známy, uvádza sa rok 1217 i 1221. Svätcovo neskoršie rehoľné meno Bonaventúra znamená priaznivý vietor alebo dobrá budúcnosť. Podľa legendy zaň vďačí svätému Františkovi z Assisi. Keď ťažko chorého Jána mala jeho matka priniesť ako dieťa k zomierajúcemu Františkovi, ten mal dieťa požehnať a zvolať: „O buona ventura!“ Následne sa malý Ján uzdravil.
V roku 1235 sa zapísal ako laik na Parížsku univerzitu. Tam spočiatku študoval sedem slobodných umení, pričom ťažisko položil na jazyk: gramatiku, rétoriku a logiku. Jeho učiteľom bol Alexander Halský, iniciátor komentárov k Sentenciám Petra Lombardského, ktorý svojho nadaného žiaka všestranne podporoval. V tom čase sa Halský pripojil k františkánom, ktorí tak získali katedru teológie.
V Paríži vstúpil di Fidanza do rehole františkánov a prijal rehoľné meno Bonaventúra; bolo to v roku 1243 alebo 1244, podľa iných zdrojov dokonca už v roku 1238. V rokoch 1243 – 1248 študoval teológiu. V záverečnej práci komentoval Evanjelium podľa svätého Lukáša a následne mu generálny predstavený Ján z Parmy udelil povolenie učiť na jeho alma mater v Paríži.
V roku 1254 Bonaventúru povolali za vedúceho katedry teológie, kde pôsobil tri roky. Počas tohto obdobia zrevidoval svoj komentár k Evanjeliu podľa svätého Lukáša, písal o Jánovom evanjeliu a viedol semináre O poznaní Krista (De scientia Christi), O Tajomstve Najsvätejšej Trojice (De mysterio Trinitatis) a O evanjeliovej dokonalosti (De perfectione evangelica). Do obdobia jeho pedagogickej činnosti v rokoch 1255 – 1257 sa datuje vznik diela De reductione artium ad theologiam, ktoré je predstavením systému vied. Na konci svojej učiteľskej kariéry napísal ešte Breviloquium, krátky úvod do teológie.
Keď bol Bonaventúra na návrh Jána z Parmy v roku 1257 zvolený za generálneho predstaveného svojho rádu, vzdal sa akademickej kariéry, no ostal v Paríži. Už v apríli adresoval svojmu rádu obežník, v ktorom nabádal bratov, aby zlepšili pošramotenú povesť rádu. V rokoch 1259 – 1260 napísal tri rozpravy o duchovnej výchove bratov: Rozhovor so sebou o štyroch duchovných cvičeniach (Soliloquium de quatuor mentalibus exercitiis), Strom života (Lignum vitae) a O trojakej ceste (De Triplici via). V tomto čase Bonaventúra vytvoril aj Cestopis ducha k Bohu (Itinerarium mentis in Deum), ktorý sa považuje za Bonaventúrovo majstrovské mystické dielo a vrchol špekulatívneho myslenia na kresťanskom Západe.
Dôvodom tohto diela bola Bonaventúrova návšteva hory Alverna neďaleko Arezza v roku 1259. V prológu pripomína stigmatizáciu svätého Františka na tomto vrchu dva roky pred jeho smrťou a v rovnakom ročnom období, konkrétne v septembri/októbri 1224. To inšpirovalo Bonaventúru napísať teologický traktát o poznaní Boha. Celistvosť vecí vrátane poznávajúcej duše prirovnáva k rebríku, po ktorom sa dá vyliezť k Bohu.
V roku 1260 Bonaventúra po prvý raz viedol generálnu kapitulu františkánov, ktorá sa konala vo francúzskom meste Narbonne. Kapitula ho poverila napísať nový životopis Františka z Assisi a v roku 1266 vyhlásila jeho dielo Väčší a Menší životopis svätého Františka (Legenda maior a Legenda minor S. Francisci) za jediný autentický Františkov životopis, pričom všetky predchádzajúce verzie boli zničené.
Bonaventúra nasmeroval františkánov na umiernený a trvalý kurz, čo mu vynieslo povesť „druhého zakladateľa rádu“. Prepracoval a doplnil pôvodné rádové konštitúcie, ktoré sú známe ako tzv. Narbonské konštitúcie. Zmieril zástancov veľmi prísnej chudoby (spirituales) s predstaviteľmi umierneného pohľadu na život (conventuales).
V rozpätí rokov 1257 – 1266 podnikol Bonaventúra pastoračné cesty po Francúzsku a Taliansku vo františkánskom štýle – peši. Stihol tiež vydať sériu publikácií najmä s morálnou tematikou: O desiatich prikázaniach (Collationes de decem praeceptis), O siedmich daroch Ducha Svätého (Collationes de septem donis Spiritus sancti) a Obrana chudobných (Apologia pauperum).
Medzi Veľkou nocou a Turícami roku 1273 predniesol v Paríži nedokončenú sériu rozsiahlych verejných univerzitných kázní O Šesťdňovom diele (Collationes in Hexaemeron), ktoré sa zachovali iba prostredníctvom poznámok poslucháčov.
V posledných rokoch života sa Bonaventúra stal jednou z najvplyvnejších osobností Cirkvi. Počas trojročného uprázdnenia pápežského stolca v rokoch 1268 – 1271 mal Bonaventúra dôležitú kázeň vo Viterbe neďaleko svojho rodiska a pravdepodobne sprostredkoval zvolanie konkláve. Bol považovaný za sľubného kandidáta na pápežský stolec, no sám navrhol Teobalda Viscontiho. Ten ho ako pápež Gregor X. po svojom zvolení vymenoval za kardinála biskupa a zároveň ho poveril prípravou a riadením Druhého lyonského koncilu, ktorý mal v zámere o. i. znova nastoliť jednotu Katolíckej cirkvi s východnými pravoslávnymi cirkvami.
Bonaventúra zomrel počas koncilu po krátkej a ťažkej chorobe 15. júla 1274. Na slávnostnom pohrebe nasledujúci deň sa zúčastnili pápež, aragónsky kráľ i kardináli. Pohrebný obrad viedol dominikán Pietro z Tarentaise, ktorý sa neskôr stal pápežom Inocentom V.
Bonaventúrove spisy ovplyvnili koncily vo Vienne (1311 – 1312), Kostnici (1414 – 1418), Bazileji, Ferrare, Florencii a Ríme (1431 – 1445) i Tridente (1545 – 1563), ako aj Prvý (1870) a Druhý vatikánsky koncil (1962 – 1965).
V roku 1482 ho pápež Sixtus IV. svätorečil a pápež Sixtus V. ho v roku 1588 vyhlásil za učiteľa Cirkvi s titulom Doctor seraphicus (serafínsky učiteľ). Pápež Lev XIII. ho označil za Knieža všetkých mystikov.
